Forschungseinrichtung
Universität Greifswald
Forschungsthema
I am a plant biotechnologist and molecular biologist. For the past 15 years, I have been working in the area of applied bioinformatics, in particular in sequence analysis.
In terms of bioinformatics software development, I am specializaed in structural genome annotation. Example tools are AUGUSTUS, BRAKER, MakeHub, und Orphelia.
Further, I work in bioinformatics service. Here, I a cover the areas of genome assembly, genome annotation, transcriptome analysis, and proteome analysis (the latter mainly with respect to genome annotation). I have in the past with working with prokaryotes and eukaryotes.
You find my publications in GoogleScholar, or on ResearchGate.
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Ich bin Pflanzenbiotechnologin und Molekularbiologin. Seit 15 Jahren bin ich im Bereich der Angewandten Bioinformatik, speziell der Sequenzanalyse tätig.
Im Bereich der Entwicklung von Bioinformatik-Software habe ich mich auf die strukturelle Genomannotation spezialisiert. Einige Tools, an denen ich mitgewirkt, oder die ich federführend entwickelt habe, sind AUGUSTUS, BRAKER, MakeHub, und Orphelia.
Außerdem bin ich im Bereich Bioinformatik-Service tätig. Hier decke ich die Bereiche Genomassembly, Genomannotation, Transkriptom-Analyse, und Proteom-Analyse (letzteres hauptsächlich in Bezug auf Integration mit Genom) ab. Die Liste der Spezies, für die ich in der Vergangenheit Daten analysiert habe, umfasst sowohl Prokaryoten, als auch Eukaryoten.
Sie finden meine Publikationen auf GoogleScholar, oder auf ResearchGate.
Forschungsprofil
- genome analysis
- transcriptome analysis
- proteome analysis
- omice data integration
- pipeline development
- in a broader sense: string processing
- gender fair language
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- Genomanalyse
- Transkriptomanalyse
- Proteomanalyse
- Omics-Datenintegration
- Pipeline-Entwicklung
- im weiteren Sinn String-Verarbeitung
- Gender Fair Language
- Applied bioinformatics
- genome assembly & genome annotation
- transcriptome quantification
- pipeline development
- python programming, application of R
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- Angewandte Bioinformatik
- Genomassembly & Genomannotation
- Transkriptomquantifizierung
- Proteomics-Integration zwecks Genomannotation
- Pipeline-Entwicklung
- u.a. Python-Programmierung, R-Anwendung
- International network in the area of gene prediction software development
- International network in the area of genome annotation
- Access to and handling of multiple HPC resources (Greifswald & project-related external resources)
- limited number of "desks" for student employees who work in my team
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- Internationales Netzwerk im Bereich der Genvorhersagesoftwareentwicklung
- Internationales Netzwerk im Bereich der Genomannotation
- Zugriff auf und Umgang mit diverse HPC-Ressourcen (Greifswald & projektbezogen extern)
- in begrenzter Anzahl Arbeitsplätze für Studierende
- zoology
- mircobiology
- botany
- landscape ecology
- medicine
- linguistics
- economics
- geography
- physics
- math & computer science
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- Zoologie
- Mikrobiologie
- Botanik
- Landschaftsökologie
- Medizin
- Linguisitik
- BWL
- Geographie
- Physik
- Mathematik und Informatik
Forschungsumfeld
I am working in the group for bioinformatics (Prof. Stanke) at the institute for mathematics and computer science. Our group currently consists of Prof. Stanke, myself, 4 PhD students, and 2 other scientific employees.
"My own core team" usually consists of a number of "Hiwis" and students, who support me in teaching or write their theses under my supervision. Currently, I am also leading scientific stuff in the project data competency.
Our offices are located in C_FunGene and we are very happy about the already existing network within University of Greifswald. Nevertheless, a large proportion of our work is taking place in close collaboration with national and international project partners.
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Ich arbeite in der Gruppe für Bioinformatik (Prof. Stanke) am Institut für Mathematik und Informatik. Unsere Gruppe besteht aktuell aus Prof. Stanke, mir, 4 Doktorand*innen, und 2 weiteren wissenschaftlichen Mitarbeitern.
"Mein persönliches Kern-Team" besteht i.d.R. aus einer Reihe von Hilfskräften und Studierenden, die mich in der Lehre unterstützen oder ihre Abschlussarbeiten bei mir schreiben. Aktuell leite ich einen wissenschaftlichen Mitarbeiter im Projekt Datenkompetenz an.
Unsere Büros sind im C_FunGene lokalisiert und wir freuen uns über die bereits bestehenden Vernetzungen mit einigen Greifswalder Arbeitsgruppen. Ein Großteil unserer Arbeit findet darüber hinaus in nationalen und internationalen Kooperationsprojekten statt.
Wissenschaftler*in
Kontakt
katharina.hoff@uni-greifswald.de
03834-420-4624
https://math-inf.uni-greifswald.de/institut/ueber-uns/mitarbeitende/hoff/
Standort
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Felix-Hausdorff-Straße 8, Greifswald, Germany
Fotos
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